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2023年11月1日 · 孔繁毅表示，政府正採購新一代XBB新冠疫苗，惟預料疫苗到港時，已出現新一波感染。 他引述研究，稱高危人士在出現病徵三日内服用新冠口服抗病毒藥物，住院率或死亡率可顯著下降約9成，籲高危人士，包括長者、曾接受器官移植及患有心血管疾病等，除考慮接種新一代疫苗外，一旦受感染，應儘快求醫。 孔繁毅指，以瑪麗醫院為例，近一兩星期多了新冠重症患者入院，部分人要入住深切治療部，強調治療時間十分關鍵，越早求醫及服食抗病毒藥物效果會越好。 學會又引述一項國際研究，調查結果顯示香港約1600多名曾經或懷疑曾感染新冠病毒的受訪者中，超過4成半人在感染新冠病毒後未有求醫，包括因為不擔心症狀的嚴重程度等。 調查亦發現，約4成受訪者因為憂慮藥物有副作用等，只會在病情變得非常嚴重時，才會服用新冠口服藥。
2022年4月19日 · 港大醫學院內科學系臨床教授孔繁毅今日（19日）表示，由於Omicron變種病毒傳染性高，並已在社區內廣泛傳播，故難以「完全清零」，坦言即使花很多人力物人，都未必能夠長時間維持清零。 他又認為本港每日的確診個案會維持在雙位數是很合理，因為新冠病毒不可能完全「整走」，但亦不代表是「與病毒共存」。 如果只是追求清零，即使花很多人力物人，都未必能夠長時間維持清零。 如集中火力在疫苗接種率，令新冠病毒的傷害性減至最低。 他認為當局現時應要從控制病毒的角度，盡量推高疫苗接種率，大幅減少重症及死亡率，避免醫療系統無法承受，減少社區傳播的風險，以及對經濟活動的影響。
2022年4月24日 · 第五波疫情確診回落，港大醫學院內科學系臨床教授孔繁毅估計，全港已有逾400萬人染疫，已築起免疫屏障，若疫情維持穩定，建議當局可加快步伐，爭取2周內放寬第二階段社交距離措施。 不過，如出現新型變種病毒，應停止進一步放寬，而核酸檢測及接種第三針的工作不可停止。 孔繁毅今日 (24日)出席電視節目表示，全港已有逾400萬人染疫，抗體水平高，若確診人數維持低水平，每日持續減少50人確診，料兩周至三周後確診個案回落至100宗，當局可考慮放寬第二階段社交距離措施，如做運動必須戴口罩，他強調，現時全港市民已產生免疫屏障，即使於戶外活動換氣量充足，甚至較負壓病房高，屆時不戴口罩亦沒有任何影響，形容風險非常低。 不過他指出一個情況出現時必須特別小心：
2023年11月18日 · 孔繁毅表示，近期感染新冠病毒個案有上升趨勢，有重症患者需在深切治療部留醫，其中大部分是長者及長期病患者。 他又指，當局正採購針對新冠XBB變異株的疫苗，未來1至2周內抵港，更建議長者及高危人士接種疫苗以加強保護。 孔繁毅亦指，不少市民曾在年初感染流感，相信大家有一定抗體，因此冬季流感不會像先前一樣嚴重或爆發。 他建議，市民感到身體不適，應盡快進行快速新冠及流感快速測試，若確診新冠，應盡快求醫，高危人士亦應服用新冠口服藥物。 另外，他提到新一波疫情大流行可能於10年後出現，有可能包括冠狀病毒及變異流感，因此疫苗平台及研發抗病毒藥物都是重要屏障。 市民亦需時刻保持個人衛生及避免進食野味，長遠亦要加強醫院內科服務及人手。
2022年1月11日 · 孔繁毅表示，有99%帶變異病毒株Delta的輸入個案患者，可以在14日內檢測呈陽性，而Omicron潛伏期更加短，認為有關措施的做法合理，且可紓緩竹篙灣檢疫中心及檢疫酒店的房間需求。 至於有關人士須在第19日要到社區檢測中心進行檢測，孔繁毅認為檢測的次數已經足夠，毋須再加密次數。 被問到是否需要收緊防疫措施，他認為當局的追蹤做得很快，指若未來數日再沒有不明源頭個案，理論上第5波疫情已受控，相反就需要收緊防疫措施。 他又認為本港不需要做全民檢測，因為很難於2日內完成，而且需動用大量人手。 另外，中大 呼吸系統科講座教授許樹昌在另一節目中提到，由於Omicron患者早病發，認為港府縮短密切接觸者檢疫期是「好穩陣」，又認為在強檢後14天再家居監察7日而走漏個案的機會很微。
2022年2月26日 · 疫情持續嚴峻，新冠疫苗臨床事件評估專家委員會共同召集人孔繁毅今早（26日）在電台節目上表示，疫情將於3月中見頂，屆時每日至少有2、3萬人確診，但實際數字或再多數倍，死亡人數亦會進一步上升。 他強調對抗第五波疫情關鍵在第三針疫苗，打齊三針才能減低重症和死亡風險，並建議政府強制市民打針，特別是長者。 對於當局在昨夜（25日）更改指引，直接承認快速測試和私營化驗所的檢測結果，他形容有關做法是好做法，因實驗室工仍已「爆燈」，新方法可更快有檢測結果，但亦會有更多個案浮現。
2023年1月14日 · 政府專家顧問、港大醫學院內科傳染病科主任孔繁毅表示，本港有83%市民接種三針新冠疫苗，已知感染人數有250萬，真正感染數字可能是500萬或以上，混合免疫屏障高，估計未來數天的確診宗數會再下跌，顯示疫情基本上已過去。 下周一起，如果檢測Ct值為35或以上，會被界定為陰性。 孔繁毅說，Ct值35或以上的病毒量很低，沒有傳染風險，認為目標最終是取消隔離令。 他指， 於科學上有足夠條件有足夠條件推行，認為政府計劃觀察農曆年及新年的情況下，再加以實施。 他指， 農曆新年後，可考慮放寬院舍探訪，學校師生亦可毋須快測，以便社會復常。
