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2009年6月11日，因出現甲型H1N1流感本土個案，身兼大流感應變督導委員會主席的香港行政長官 曾蔭權宣佈，全港小學、幼稚園及幼兒園、特殊學校由6月12日至6月25日停課14天（6月26日復課）。
6月23日， 教育局 局長孫明揚宣佈，全港小學、幼稚園及幼兒園、特殊學校繼續停課，暑假提前，而中學亦可自行決定。 [1] 全港停課. 鑑於聖保祿學校出現本土感染甲型H1N1流感個案，全港 小學 、 幼稚園 、 特殊學校 （只設中學部的特殊學校除外）及 學前教育 將停課14天，但由於疫情不斷發展，暑假将会提前。 考試安排. 教育局宣佈，由於小學不能如期於6月26日復課，所以建議學校取消考試，但小五呈分試則除外，因為小五呈分試是會影響中學排位，由於疫情較6年前的非典型肺炎的嚴重性低，嚴重程度有限，故此小五呈分試繼續進行，建議在適當的防疫措施之下給小五學生回校應試。 學校对其他年級以進展性評估的分數取代。 課外活動. 根据安排，個別學校将另行宣佈課外活動时间。
政府指，一旦出現無法追蹤源頭的甲型H1N1流感本地個案，幼稚園、小學及學前教育將停課。[10] 受個案十三影響，匯基書院(東九龍)停課由5月28日起計十四天。 另外，受一個於6月10日的未公佈個案影響，聖保祿學校將會由6月11日起停課。[11]
校園防疫是H1N1新流感防治的重點場域，2009年8月18日起至今維持採取「325停課標準」，即高級中等(含)以下學校、幼稚園、補習班及托育場所，於三天內同一班級有2名以上(含2名)學生，經醫師臨床診斷為感染流感時，建議該班停課5天(含例假日)。
2009年5月1日 · 6月10日，香港 聖保祿學校一名16歲的中四女生，確診患上人類豬型流感，該學校隨即宣佈停課兩周。 6月11日，香港衛生防護中心於下午宣佈全港小學、幼稚園及幼兒中心停課兩周。
第4例病患之女兒（即新流感第6例）就讀之學校-中和光復國小附設幼稚園，全校5/23～5/29國小及幼稚園停課，居家隔離。 5月25日台灣出現第7例新流感確定病例，該病例為第4例之友人，也是首例本土病例。
一名銅鑼灣聖保祿學校中四女生確診，當局表示由於暫時未知這名患者的患病源頭，因此香港暫時無需停課，但已有感染個案的聖保祿學校則需停課十四天；而另一患者在6月5日在一個酒會與一名早前確診染病的患者相聚而發病。
