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2009年6月11日，因出現甲型H1N1流感本土個案，身兼大流感應變督導委員會主席的香港行政長官 曾蔭權宣佈，全港小學、幼稚園及幼兒園、特殊學校由6月12日至6月25日停課14天（6月26日復課）。
6月23日， 教育局 局長孫明揚宣佈，全港小學、幼稚園及幼兒園、特殊學校繼續停課，暑假提前，而中學亦可自行決定。 [1] 全港停課. 鑑於聖保祿學校出現本土感染甲型H1N1流感個案，全港 小學 、 幼稚園 、 特殊學校 （只設中學部的特殊學校除外）及 學前教育 將停課14天，但由於疫情不斷發展，暑假将会提前。 考試安排. 教育局宣佈，由於小學不能如期於6月26日復課，所以建議學校取消考試，但小五呈分試則除外，因為小五呈分試是會影響中學排位，由於疫情較6年前的非典型肺炎的嚴重性低，嚴重程度有限，故此小五呈分試繼續進行，建議在適當的防疫措施之下給小五學生回校應試。 學校对其他年級以進展性評估的分數取代。 課外活動. 根据安排，個別學校将另行宣佈課外活動时间。
- 確診個案出現前
- 確診個案出現後
- 外部連結
自2009年3月墨西哥流感爆發，政府參考對抗參考2003年沙士經驗，制定一系列的應對措施。 政府成立大流感應變督導委員會，由食物及衞生局、食環署、衛生署及醫管局等部門組成，負責統籌應對流感的問題，及與附近地區，包括澳門及廣東省溝通，並於應變級別嚴重提升至緊急時，由特首曾蔭權親自領導督導委員會。 委員會宣佈了多項措施，包括： 1. 徵用康文署轄下的麥理浩夫人度假村及鯉魚門度假村作為隔離中心。 2. 指定瑪嘉烈醫院為首二十名確診患者的傳染病隔離中心，院內有4個月的藥物及醫療設備存貨。 衛生防護中心於2009年4月30日起，設立二十四小時熱線，給曾經前往甲型H1N1流感疫情的地區，返回香港後七天內出現流感徵狀的人士查詢。 政府於2009年5月推行全城清潔大行動，以改善社區公共衛生情況、同時向市民發...
2009年5月1日確診本地首宗個案後，警方及衛生署人員已即時封鎖患病者所居住的香港灣仔維景酒店，酒店內的旅客亦隔離觀察七天，政府決定將流感戒備狀態由嚴重提升至最高的緊急。 鯉魚門公園及度假村及麥理浩夫人度假村將會作為疫症隔離中心，為配合此措施，該兩個度假村於5月1日晚清空。
校園防疫是H1N1新流感防治的重點場域，2009年8月18日起至今維持採取「325停課標準」，即高級中等(含)以下學校、幼稚園、補習班及托育場所，於三天內同一班級有2名以上(含2名)學生，經醫師臨床診斷為感染流感時，建議該班停課5天(含例假日)。
2009年5月1日 · 6月10日，香港 聖保祿學校一名16歲的中四女生，確診患上人類豬型流感，該學校隨即宣佈停課兩周。 6月11日，香港衛生防護中心於下午宣佈全港小學、幼稚園及幼兒中心停課兩周。
第4例病患之女兒（即新流感第6例）就讀之學校-中和光復國小附設幼稚園，全校5/23～5/29國小及幼稚園停課，居家隔離。 5月25日台灣出現第7例新流感確定病例，該病例為第4例之友人，也是首例本土病例。
一名銅鑼灣聖保祿學校中四女生確診，當局表示由於暫時未知這名患者的患病源頭，因此香港暫時無需停課，但已有感染個案的聖保祿學校則需停課十四天；而另一患者在6月5日在一個酒會與一名早前確診染病的患者相聚而發病。
