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2021年5月13日 · 在我们团队宏基因组的组装策略可分为三种：单样本组装、多样本合并组装和多样品混合组装。. 单样本组装就不用说了。. 多样本合并组装就是将不同样本的 原始数据 cat到一起进行分析，这一般是用来弥补单样本数据量不足的缺陷，但是不是什么样本都适合 ...
2018年4月15日 · 解决办法：组学大讲堂课程里讲述了megahit，spades两种软件，你还可以通过单样本组装，混合组装，单样本+混合组装，3种方法，协调自己的资源与时间得到最好的组装结果。宏基因组高级分析 除了常规的宏基因组分析，本课程还讲解了如何进行分箱分析。
MEGAHIT是一个二代测序从头组装工具，尤其在土壤等复杂环境样本组装、大量样本混合组装方面优势明显，同时提供更好的完整性和连续性，为行业的主流组装软件。
宏基因组测序的拼接问题：co-assembly到底指的是什么？. 最近在做一个宏基因组的拼接，读文献读到了co-assembly，以及metaSpades和megahit这些拼接的软件，然后又读到了 @星空Ideal…. 显示全部 . 关注者. 1. 被浏览. 138.
2. 序列组装： 使用Megahit软件使用不同kmer对优化序列进行组装得到Contigs；3. Bin生成：采用metaWRAP环境中binning模块的metabat2和maxbin2方法对contig进行分箱。4. 合并不同软件得到的bin：采用binning_refiner软件将两个软件生成的bin进行合并，重新
基因组. 宏基因组. 利用宏基因组做功能基因分析时，是基于reads还是基于contigs的方法更合适一些？. 有评估标准吗？. 打算利用宏基因组做功能基因方面的研究，目前看了很多文献，有利用reads和数据库直接比对的，也有组装成contigs后再进行比对的，二者均有 ...
scaffold其实是基因组组装时的概念。涉及到的相关概念如下： reads：就是我们测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp。 contig：中文叫做重叠群，就是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig
